José Antonio Jáuregui dejó una importante obra que refleja sus ideas sobre la naturaleza humana, la cultura, la política, la ética, el medio ambiente y nuestro lugar en el universo.

Fue autor de numerosos libros traducidos a idiomas como el inglés, el italiano y el chino, entre ellos El ordenador emocional, celebrado por pensadores como Edward Wilson o José Saramago.

Escribió más de 800 artículos en medios como El País, El Mundo, Diario 16, ABC y Panorama.

Presentó varios programas de televisión y de radio como Las Reglas del Juego, emitido dos veces en España, además de en otros países.
Y además, llevó a cabo diversos proyectos dentro y fuera del mundo académico, como la Academia Europea de Yuste o un monumento a la libertad realizado con trozos del muro de Berlín.